Период применения вычета налоговым агентом определен недостаточно четко. Основываясь на положениях п. 1 ст. 174 НК РФ, специалисты ФНС России в письме от 13.09.2011 № ЕД-4-3/14814@ пришли к выводу, что, поскольку уплата налога, исчисленного покупателем – налоговым агентом, при приобретении услуг по аренде госимущества за соответствующий налоговый период производится в следующем налоговом периоде, в том же периоде возникает и право на вычет уплаченной суммы НДС. Вместе с тем п. 1 ст. 45 НК РФ предоставляет налогоплательщику право исполнить обязанность по уплате налога досрочно. А согласно п. 2 ст. 24 НК РФ налоговые агенты имеют те же права, что и налогоплательщики, если не предусмотрено иное. Поэтому арендатор муниципального имущества может уплатить в бюджет всю сумму НДС в том же налоговом периоде, в котором услуги по аренде приняты им к учету. В этом случае арендатор вправе принять НДС к вычету в том же налоговом периоде, в котором ему оказана услуга по аренде.
Арбитражные суды неоднократно отмечали, что законодательство о налогах и сборах не содержит условия о предъявлении суммы уплаченного налоговым агентом НДС к вычету именно в следующем налоговом периоде (постановления ФАС Западно-Сибирского округа от 24.05.2006 № Ф04-3085/2006(22778-А27-26), от 09.03.2005 № Ф04-845/2005(9008-А70-14), а также определение ВАС РФ от 25.07.2008 № 9235/08).
Следовательно, право на возмещение из бюджета НДС возникает в том налоговом периоде, когда сумма НДС, удержанная налоговым агентом согласно собственному счету-фактуре, фактически перечислена в бюджет. Этот вывод следует как из судебных актов (определение ВАС РФ от 25.07.2008 № 9235/08, постановления ФАС Западно-Сибирского округа от 04.10.2010 по делу № А27-1511/2010, ФАС Московского округа от 30.11.2009 № КА-А41/12049-09, ФАС Северо-Кавказского округа от 21.08.2008 № Ф08-4930/2008, Девятого ААС от 14.07.2010 № 09АП-15011/2010 и др.), так и из разъяснений официальных органов (смотрите, например, письма Минфина России от 26.01.2015 № 03-07-11/2136, от 23.10.2013 № 03-07-11/44418, 13.01.2011 № 03-07-08/06, 15.07.2009 № 03-07-08/151).