Обычно в нормативных правовых актах устанавливаются те или иные правила в позитивном контексте (обязательности соблюдения), а не в негативном (запрещающем). Т.е. прямые запреты в них формулируются редко.

В п. 2.8 Положения о документах и документообороте в бухгалтерском учете (утв. Минфином СССР 29.07.1983 № 105) сказано, что записи в первичных документах должны производиться чернилами, химическим карандашом, пастой шариковых ручек, при помощи пишущих машин, средств механизации и другими средствами, обеспечивающими сохранность этих записей в течение времени, установленного для их хранения в архиве. Прямо запрещено только использование простого карандаша. На цвет здесь указания нет, запрета на использование гелевой ручки тоже.

Теперь обратимся к документу «посвежее», он касается банковских документов. В п. 1.7.2 части III приложения к Положению о плане счетов бухгалтерского учета для кредитных организаций и порядке его применения (утв. ЦБ РФ 27.02.2017 № 579-П) установлено, что при оформлении первичного учетного документа, представляемого в кредитную организацию в бумажной форме, подписи должны быть сделаны ручкой с пастой (чернилами) черного, синего или фиолетового цветов. На цвет указания есть, а про гелевую ручку также специальных пояснений нет.

Данный вопрос становился предметом судебных разбирательств (правда, речь шла не о «первичке», а о налоговой декларации). Налоговики отказали в принятии налоговой декларации потому, что она была заполнена гелевой ручкой! Однако суд постановил, что отказ был незаконным (см. постановление ФАС Центрального округа от 30.11.2005 № А09-1916/05–22). Позже, однако, налоговики признали, что ни ГК РФ, ни НК РФ не содержат запретов на подписание документов перьевыми или гелевыми ручками (письмо УФНС РФ по г. Москве от 07.10.2010 № 16-15/104968@).