На суммы авансов (предварительной оплаты), полученных организацией в счет выполнения НИОКР, не облагаемых НДС в соответствии с подп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ, НДС не начисляется.
Согласно подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом обложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ.
При этом в ст. 149 НК РФ перечислены операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения).
Согласно подп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ от обложения НДС на территории РФ освобождаются научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы (НИОКР), выполняемые за счет:
- средств бюджетов;
- средств Российского фонда фундаментальных исследований;
- средств Российского фонда технологического развития и образуемых для этих целей в соответствии с законодательством РФ внебюджетных фондов министерств, ведомств, ассоциаций.
Также в соответствии с подп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ не подлежит обложению НДС выполнение НИОКР учреждениями образования и научными организациями на основе хозяйственных договоров.
В рассматриваемой ситуации НИОКР выполняются за счет средств федерального бюджета.
Необходимо отметить, что ст. 149 НК РФ не установлен перечень документов, подтверждающих правомерность применения освобождения, при выполнении НИОКР за счет средств федерального бюджета. По мнению уполномоченных органов, выраженному, например, в письмах Минфина России от 27.12.2012 № 03-07-07/139, от 11.10.2012 № 03-07-07/409, ФНС России от 01.09.2010 № ШС-37-3/10367, такими документами могут быть:
- договор на выполнение работ с указанием источника финансирования;
- письменное уведомление (справка) заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителей и соисполнителей о выделенных ему бюджетных средствах для оплаты указанных работ.
В данном случае у организации есть необходимый договор и справка от заказчика. Соответственно, выполняемые организацией НИОКР освобождены от НДС на основании подп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ. Поэтому при получении аванса (предварительной оплаты) в счет предстоящего выполнения работ ей нужно учитывать следующее.
В соответствии п. 1 ст. 167 НК РФ моментом определения налоговой базы является наиболее ранняя из следующих дат: день отгрузки (передачи) товаров (работ, услуг), имущественных прав; день оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.
В отношении операции по реализации работ, освобожденных от обложения НДС на основании ст. 149 НК РФ, налоговая база не определяется.
Таким образом, на суммы авансов (предварительной оплаты), полученные организацией в счет выполнения НИОКР, не облагаемых НДС в соответствии с подп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ, НДС не начисляется (см., например, письма Минфина России от 03.05.2006 № 03-04-05/06, Управления МНС по г. Москве от 10.07.2003 № 24-11/38159). Соответственно, требование налогового органа о начислении НДС с суммы полученной предоплаты в рассматриваемой ситуации неправомерно.
Если организация все же пойдет навстречу налоговому органу и начислит НДС с предоплаты, ей необходимо учитывать следующее. Порядок принятия НДС к вычету регламентирован ст. 171 и 172 НК РФ. При этом указанные положения не предусматривают принятие к вычету НДС, ошибочно исчисленного с полученной предоплаты. Для целей исчисления НДС такое начисление налога признается ошибкой, подлежащей исправлению в порядке, предусмотренном ст. 54 и 81 НК РФ.
